Die Wahrheit über das Seewerk in Falkenhagen trat erst ab 1993 stückchenweise ans Tageslicht.

1938 bis 1939 wurden die Grundstückseigentümer durch die Nationalsozialisten enteignet und das Schloss Falkenhagen 1939 abgerissen. An dieser Stelle entstand unter dem Tarnnamen Seewerk ein geheimes Rüstungswerk. 1940 bis 1943 wurde ein unterirdisches Werk zur Herstellung von Chlortrifluorid (N-Stoff) und von 1943 bis 1945 eine Sarin-Großanlage errichtet. Die Fertigstellung war frühestens für Mai/Juni 1945 geplant.

Unter der Bezeichnung Seewerk gehörte die Anlage in Falkenhagen zu einer Reihe von Munitionsfabriken, die im Auftrag der Wehrmacht von der Deutschen Sprengchemie GmbH (DSC) bis 1945 betrieben wurden.

Der Bunker wurde bereits Ende der 1930er Jahre als unterirdische Produktionsstätte geplant. 1939 wurde mit den Bauarbeiten begonnen. Er bestand aus einem zentralen Eisenbahntunnel und unterirdischen Räumen als Produktionsstätte für Chlortrifluorid („N-Stoff“). Bis zur Eroberung durch die Rote Armee im Jahr 1945 wurde hier Chlortrifluorid für die Raketenindustrie des Dritten Reiches hergestellt, das aus Tarngründen als N-Stoff bezeichnet wurde. Die zu dieser Zeit entstandene Raumaufteilung war: Eisenbahntunnel, zwei Produktionshallen und ein Anbau zur Lagerung des Endproduktes.
1942 begann unter Einsatz französischer Kriegsgefangener der Bau der Anschlußbahn vom Bahnhof Briesen bis ins Seewerk. Ab Bahnhof Briesen wurde ein zusätzliches Gleis verlegt und der alte Güterschuppen durch eine neue Güterhalle mit Luftschutzbunker ersetzt. Somit konnten Züge über das Netz der Reichsbahn direkt in die unterirdischen Anlagen fahren.

Gedacht als Fertigungsstätte von Raketentreibstoff, befanden sich auch weitere Laboreinrichtungen in den unterirdischen Geschossen. Die IG Farben, Betreiber der Labore, hatte dort den Auftrag, ein geruchloses, unsichtbares Giftgas zu entwickeln. Es gelang die Herstellung von Sarin. Mitte 1945 sollte die großangelegte Produktion beginnen.
Unmittelbar vor der Eroberung durch die Rote Armee wurde begonnen, die Anlagen zur Fertigung von Sarin, im südlichen Nebenbereich der eigentlichen Bunkeranlage zu erweitern; die Anlagen wurden aber nicht mehr fertiggestellt.

Im Februar 1945 wurde die komplette Chemiefabrik evakuiert.  60 Güterwagons und 5 Kesselwagen rollten von Falkenhagen nach Bayern. Im April wurde das Werk kampflos von sowjetischen Truppen übernommen.
Im September 1946 baute man die Gleisanlage zwischen Briesen und Falkenhagen komplett ab und transportierte sie nach Osten. Der Verladebahnhof in Briesen wurde zur Getreidemühle umgebaut.

Über die genaue Nutzung zu Zeiten des Kalten Krieges ist wenig Gesichertes bekannt. Nach dem Ende des II.Weltkrieges blieb das Areal militärisches Sperrgebiet. Die Legenden über die Nutzung zwischen 1945 und 1965 sind verschieden. Sie reichen von der Schweinezucht, Lazarett und Heilstätte bis KFZ-Instandsetzungsbetrieb.
Von 1958 bis 1964 erfolgten die Umbauten der ehemaligen Wehrmachts-Bunkeranlage durch die Gruppe der Sowjetischen Streitkräfte in Deutschland (GSSD) und durch Spezialkräfte der NVA zu einer ABC-sicheren Kommandozentrale des Warschauer Vertrages. Demnach soll der Bunker als Führungstelle der sowjetischen Streitkräfte genutzt worden sein und später als Gefechtsstand für die Lenkung der Truppen des Warschauer Vertrags.

Beim Bunker Falkenhagen handelt es sich um einen viergeschossigen Bunker. Da der gegenwärtige Zustand in großen Teilen einen An- und Umbau (ab 1958) der bereits existierenden Anlage darstellt, musste die Raum- und Funktionsplanung sich an den bereits bestehenden Gegebenheiten orientieren. Zugleich wurden große Teile der früheren Produktionshallen durch Einziehen neuer Etagendecken zur Nutzung im Rahmen des Führungskonzeptes „umfunktioniert“. Die außergewöhnlichen, oberirdischen Bauwerksteile (Türme) sind eine Weiternutzung früherer Verwendung, dann aber für Zuluft, Abluft, Notausstieg und Medienzuführung.

Die Anlage hat eine nutzbare Größe von ca. 14.000 m² (Betriebsräume, Heiztunnel und andere Medienräume nicht mitgerechnet) und besaß mehrere Zugänge. Der Hauptzugang und der Zugang für den Zutritt „5 nach 12“ wurden durch Umbau des ehemaligen Bahntunnels in die Anlage geschaffen. Der Notausstieg ist Bestandteil der ehemaligen Havarieluftabführung und entstand durch Umbau. Der Bunker besaß mehrere oberirdische Gebäudeteile. Neben einem Zuluftturm existieren noch zwei weitere Türme mit großdimensionierten Rohrleitungen. Die Funktion war wie folgt:

    Turm West: Notausstieg und Abluftableitung für den Bereich des dritten Untergeschosses, zugleich genutzt zur Kabeleinführung, weil das Öffnen des Bauwerkes an anderen Stellen erhebliche Probleme bereitete.
    Turm Mitte: Zuluftturm für die Netzersatzanlagen und Abluftturm für Abgase der Generatoren
    Turm Ost: Zuluftturm für die Gesamtanlage.

Der Havarieabluftturm am Hang verlor seine Bedeutung, nachdem der Anschluss an den früheren gefliesten Havarieabluftstollen gekappt wurde, um einen Notausstieg einzubauen, der im dritten Untergeschoss endet.

Das Objekt verfügte über weitere Gebäude, die nach Umbau keine bauliche Verbindung zum Fabrikationsbunker hatten. Zuvor hatten das Generatorengebäude und der frühere Notausstieg Verbindung zum Bauwerk; diese wurden aber planmäßig beim Umbau verschlossen, um das Gesamtbauwerk sicher zu gestalten und eine Hermetisierung zu erreichen. Der Wasserturm hatte zu Produktionszeiten im Zweiten Weltkrieg tatsächlich eine Vorratsfunktion, die der Turm später verlor und als Hundezwinger im inneren Sicherheitsring und Ruheort für müde Wachsoldaten genutzt wurde.

Im vierten Untergeschoss befanden sich mehrere Abteilungen, die durch Drucktüren voneinander getrennt waren. In deren Zentrum verlaufen zwei großzügige Zentralgänge, von denen aus jeweils ca. 20 Kammern von 15 m² Größe erreichbar sind.